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【R語言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問題
前面我給大家詳細介紹過
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?GO簡介及GO富集結(jié)果解讀
?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀
?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖
?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖
? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化
也用視頻給大家介紹過
? GO和KEGG富集分析視頻講解
最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。
氣泡圖
柱形圖
這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。
我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來認真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。
dotplot這個函數(shù)，多了個 label_format 參數(shù)
我們來看看這個參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原來這個參數(shù)默認值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長度大于30個字符就會被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調(diào)節(jié)一下這個參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。
是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道
同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來的容貌。
關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文
GO和KEGG富集分析視頻講解
轉(zhuǎn)錄組不求人系列(十三): GO、KEGG富集個性化作圖
當(dāng)富集分析完成，拿到如下的分析結(jié)果后，就可以進行作圖了。
富集分析結(jié)果的可視化無非就是柱狀圖和氣泡圖，但是公司默認出圖實在是太丑，所以還是自己動手修改修改。
一、常規(guī)柱狀圖（ggplot2）
橫軸為gene counts，或者用-logP也行，填充相應(yīng)的用P值或者gene counts。ggplot畫圖的好處就是可以進行很多調(diào)整。
二、常規(guī)氣泡圖（ggplot2）
氣泡圖與柱狀圖如出一轍，只是在展示方式上出現(xiàn)了差別。一個用geom_bar()函數(shù)，氣泡圖類似于散點圖用geom_point()函數(shù)。
三、上下調(diào)同時展示（ggplot2）
很多時候研究者拿到差異基因后，上下調(diào)基因是分別富集的，在展示上需要同時體現(xiàn)二者，我們之前提到metascape可以做到： 轉(zhuǎn)錄組不求人系列(十二): Cell文章最喜歡用的差異基因GO、KEGG富集分析工具 ，除此之外，之前講過的氣泡圖也可以展現(xiàn)多組的結(jié)果： 復(fù)現(xiàn)《nature communications》圖表（四）：ggplot畫多組富集氣泡圖 。這里我們繼續(xù)提供一種bar圖的展示方式。將down的數(shù)值調(diào)整為負，做一列分組，就可以展示了。
當(dāng)然了，以上所說的可視化還是比較常規(guī)，在基礎(chǔ)上可以自己做調(diào)整。也有一些文章總是標(biāo)新立意，有很多奇特的展現(xiàn)方式，我們會在之后的系列中講解。
go語言簡體中文編碼包怎么用
二進制包安裝的話：如果安裝在了默認位置例如/usr/local/go (Windows系統(tǒng)：c:\Go)這個時候可以不需要設(shè)置GOROOT，如果改變了安裝的這個默認目錄，那么就需要設(shè)置GOROOT
GOROOT的概念有點Go安裝目錄的意思
GOPATH是一個開發(fā)環(huán)境目錄的意思，下面必須包含bin、pkg、src，然后再src下面新建項目就可以了
你在沒有設(shè)置GOPATH的情況下，也可以把項目建在GOROOT/src下面，其實和GOPATH的概念類似
4.1 Go語言中包(Packages)基礎(chǔ)知識
先看一下目錄結(jié)構(gòu)，注意這里的src名稱是必須的，go在設(shè)置了GOPATH后，默認會添加src去尋找package，暫未查詢是否有方法不按照src查詢
根據(jù)上面的描述，Go語言中通過包中函數(shù)的名稱來區(qū)分公共函數(shù)和私有函數(shù)，我們在main函數(shù)中是無法調(diào)用myPrivateFunc的
此時如果執(zhí)行通過go run方式執(zhí)行，會看到如下的提示信息，這與大部分語言對于包管理方式相關(guān)，所以我們通過兩種不同的方法來讓代碼執(zhí)行起來
返回如下，這里面對我們后續(xù)執(zhí)行有影響的兩個參數(shù)GO111MODULE和GOPATH
如果要使用gopath模式引用包，則需要關(guān)閉mod模式
設(shè)置GOPATH為當(dāng)前路徑，即main.go所在的路徑
此時再查看go env時，GOPATH已經(jīng)發(fā)生改變
我們再次嘗試執(zhí)行代碼
可以看到public函數(shù)被調(diào)用
網(wǎng)站欄目：go語言繪圖包 go語言 畫圖
當(dāng)前路徑：http://ef60e0e.cn/article/doecpoo.html
